La CUT, como central de trabajadores, tiene dos etapas en su historia. La primera corresponde a la Central Única de Trabajadores, que comprende el período 1953-1973; la segunda, la Central Unitaria de Trabajadores desde 1988 hasta la fecha. Su fundación se realizó el 12 de febrero de 1953, y su primer presidente fue Clotario Blest.
Los antecedentes históricos de la CUT están vinculados a las necesidades materiales que desarrolló el proletariado chileno en el siglo XIX. Será el artesanado nacional el primer grupo de trabajadores en encontrar en las mutuales, el primer tipo de organización colectiva.
Las organizaciones y centrales sindicales que acordaron la fusión para la constitución de la Central Única de Trabajadores fueron:
- Las dos facciones de la Confederación de Trabajadores de Chile (CTCH).
- El Movimiento Unitario Nacional de Trabajadores (Munt) de carácter anarcosindicalista fundado en 1950, cuyo principal dirigente fuera Ernesto Miranda Rivas.
- Comité Relacionador de Unidad Sindical (CRUS), fundado en 1950.
- La Junta Nacional de Empleados de Chile (Junech), fundada en 1948
- El Movimiento de Unidad Sindical (MUS), fundado en 1952.
Todas las organizaciones señaladas eran integrantes de la Comisión Nacional de Unidad Sindical (CNUS), creada en mayo de 1952.
La CUT se considera heredera de la Federación Obrera de Chile (FOCH) – fundada en 1909 con en el nombre de Gran Federación Obrera de Chile, pero que cambió a FOCH en 1919 hasta 1936- y la CTCH, puesto que comparte los objetivos de unificar y aglutinar el movimiento obrero, sus demandas y derechos. Una de las primeras decisiones para evitar la división fue que la CUT nunca se afiliaría a ninguna de las tres centrales sindicales internacionales: la CIOSL, FSM y CISC, posterior CMT.
Hubo una influencia inicial del anarco-sindicalismo manifestado en su primera Declaración de Principios (1953) en la que versa que «la emancipación de los trabajadores es obra de los propios trabajadores» (parafraseando el lema de la Primera Internacional), y que:
«El régimen capitalista actual fundado en la propiedad privada de la tierra, de los instrumentos y medios de producción y en la explotación del hombre por el hombre, que divide a la sociedad en clases antagónicas, explotados y explotadores, debe ser sustituido por un régimen económico social que liquide la propiedad privada hasta llegar a la sociedad sin clases, en la que se asegure al hombre y a la humanidad su pleno desarrollo, […] La Central Única de Trabajadores realizará una acción reivindicacionista encuadrada dentro de los principios y métodos de la lucha de clases, conservando su plena independencia de todos los Gobiernos y sectarismos político partidistas. Sin embargo, la Central Única de Trabajadores no es una central apolítica: por el contrario, representando la conjunción de todos los sectores de la masa trabajadora, su acción emancipadora la desarrollará por sobre los partidos políticos, a fin de mantener su cohesión orgánica. […] La lucha sindical es parte integrante del movimiento general de clases del proletariado y de las masas explotadas, y en esta virtud no puede ni debe permanecer neutral en la lucha social y debe asumir el rol de dirección que le corresponde. En consecuencia, declara que los sindicatos son organismos de defensa de los intereses y fines de los trabajadores dentro del sistema capitalista. Pero, al mismo tiempo, son organismos de lucha clasista que señalan como meta para la emancipación económica de los mismos, o sea, la transformación socialista de la sociedad, la abolición de clases y la organización de la vida humana mediante la supresión del Estado opresor.»
La CUT apoyó al Gobierno de la Unidad Popular que encabezó Salvador Allende hasta su derrocamiento el 11 de septiembre de 1973. El 4 de enero de 1972 fue promulgada la Ley N° 17.594, que concedió personalidad jurídica a la CUT y mecanismos de financiamiento para sus actividades. Además de concedérsele a la CUT la participación dentro del proceso de planificación económica nacional y la administración de las empresas. Sin embargo, este proceso de identificación con el apoyo al gobierno de la Unidad Popular tuvo sus problemas, más todavía cuando sus dirigentes pertenecían a los partidos que integraban la coalición de gobierno.
Tras el Golpe de Estado del 11 de septiembre de 1973 a la CUT le fue cancelada su personería jurídica por el Decreto Ley Nº 12 del 24 de septiembre de dicho año. De esta manera fue disuelta y requisados su bienes por la Dictadura de Augusto Pinochet.
En 1974 en París (Francia) fue creado el Comité Exterior de la CUT (Cexcut), integrado por Luis Figueroa (PCCh), Rolando Calderón (PS), Eduardo Rojas (Mapu), que serviría de vínculo entre el movimiento sindical en Chile y los organismos y partidos que solidarizan con la causa por volver a la democracia. Integró el Comité Político de la UP en el exterior hasta su disolución en 1980.
En 1979 el régimen militar restauró el derecho de los trabajadores a organizarse. Sin embargo, un conjunto de leyes conocidas como el “Plan Laboral”, había modificado significativamente las reglas del juego.
El Plan estableció cuatro pilares de mercantilización de la economía y, en definitiva, de la sociedad chilena. Entre ellas, la despolitización de los sindicatos, estableciendo como principio el desarrollo de un sindicalismo de mercado concordante con el modelo de desarrollo neoliberal que se estaba impulsando. En la práctica, esto se materializó en la eliminación de ciertos derechos conquistados las décadas anteriores.
Durante la dictadura militar, la principal tarea del movimiento sindical fue luchar por la restitución de la democracia. Sin embargo, también hizo intentos de unificar el disuelto movimiento sindical, a través de la Coordinadora Nacional Sindical (CNS) y el Comando Nacional de Trabajadores que terminó en la formación de la Central Unitaria de Trabajadores en el año 1988.